Creación del IFE en la Constitución y expedición del Código Federal de Instituciones y Procedimientos Electorales (Cofipe). El 11 de octubre se realiza la primera sesión del Consejo General encabezada por el entonces Secretario de Gobernación, Fernando Gutiérrez Barrios; el primer director general fue Emilio Chuayffet. Se nombra a seis consejeros magistrados.
Primeras elecciones federales intermedias organizadas por el IFE; se levanta un padrón electoral y hay nueva credencial para votar, color naranja, sin fotografía.
Se crea la credencial para votar con fotografía.
Reforma electoral con el proceso electoral en marcha; se crea la figura de "consejero ciudadano" y son electos para formar parte del Consejo General del IFE Miguel Ángel Granados Chapa, José Woldenberg, Santiago Creel, José Agustín Ortiz Pinchetti, Fernando Zertuche y Ricardo Pozas, quienes toman posesión de su cargo el 3 de junio.
Es un año en donde se vivió el levantamiento armado del EZLN, el asesinato del candidato presidencial del PRI Luis Donaldo Colosio y del secretario general del PRI José Francisco Ruiz Massieu.
Reforma electoral en la que se aprueba la salida de la Secretaría de Gobernación -y por ende del Gobierno federal- del órgano electoral. Se crea la figura de "consejeros electorales" en sustitución de "consejeros ciudadanos" y se aumenta el número de integrantes del Consejo General de seis a nueve.
En noviembre toma posesión José Woldenberg como consejero presidente del IFE, acompañado de los consejeros electorales Juan Molinar Horcasitas, Emilio Zebadúa, Alonso Lujambio, Jaime Cárdenas, Mauricio Merino, José Barragán, Jacqueline Peschard y Jesús Cantú.
El IFE organiza las elecciones federales intermedias y las de Jefe de Gobierno del DF, en las que por primera vez el PRI perdió la mayoría absoluta en las Cámara de Diputados y los ciudadanos de la Ciudad de México eligen a Cuauhtémoc Cárdenas (el ex candidato presidencial perdedor frente a Carlos Salinas de Gortari), como su Mandatario.
El IFE organiza las elecciones presidenciales en donde se da la alternancia política al ganar el candidato del PAN, Vicente Fox, al candidato del PRI, Francisco Labastida. El PRI pierde la Presidencia de la República por primera vez en su historia.
El PRD, con Cuauhtémoc Cárdenas como candidato presidencial por segunda ocasión, queda en tercer lugar.
Para sustituirlos, son nombrados como consejeros Gastón Luken y Virgilio Rivera, quienes concluirán con los demás consejeros el periodo para el que fueron elegidos (1997-2003).
El IFE organiza elecciones intermedias en donde se renuevan los 500 integrantes de la Cámara de Diputados.
El IFE concluye las investigaciones sobre Amigos de Fox y Pemexgate, relacionadas con financiamiento ilícito a las campañas de los candidatos presidenciales Vicente Fox y Francisco Labastida. El IFE impone al PRI una multa de mil millones de pesos, la más grande en la historia del sistema político mexicano. Al PAN y al PVEM, que contendieron coaligados, los sancionó por alrededor de 545 millones de pesos. Fueron decisiones históricas del IFE que no se repetirían.
Con esa elección se inició la falta de consensos para el nombramiento de consejeros electorales y se intensificó el establecimiento de "cuotas" entre los partidos en los cargos, en detrimento de la confianza en el órgano electoral.
En las elecciones presidenciales y luego de un largo litigio legal en el Tribunal electoral, y toma del Paseo de la Reforma, las autoridades electorales otorgaron el triunfo de la elección presidencial al candidato del PAN, Felipe Calderón, por una diferencia de 0.56% de votos sobre López Obrador.
La noche de la jornada electoral el presidente del IFE declara que no puede dar a conocer a ningún ganador, y días después, ante presiones del PAN, declara que "la regla de oro de la democracia establece que gana el candidato que tenga más votos (...)
El 20 de noviembre toma protesta como "presidente legítimo" AMLO.
El 1 de diciembre toma protesta como Presidente Constitucional Felipe Calderón.
Con un PRD agraviado y un PRI dispuesto a recuperar la Presidencia, estos partidos impulsan y consiguen el apoyo del PAN para una nueva reforma electoral en la que se cambia el modelo de comunicación política al prohibir la compra de tiempos de radio y televisión a partidos y candidatos y centrar las campañas y precampañas en los tiempos del Estado. Asimismo se decide una renovación escalonada de los consejeros electorales.
Ugalde anuncia su "renuncia" semanas antes de su relevo, y es sustituido en la presidencia por Andrés Albo. El 7 febrero de 2008 es nombrado por la Cámara de Diputados como consejero presidente del IFE Leonardo Valdés para un periodo de seis años.
El proceso de selección de consejeros es precedido de una convocatoria e inscripción de aspirantes y de jaloneos entre los partidos, que acuerdan "cuotas" para los nombramientos.
El IFE organiza elecciones federales intermedias en donde se renueva la totalidad de la Cámara de Diputados.
A finales de octubre concluyen su mandato los consejeros electorales Arturo Sánchez, Marco Gómez y Virgilio Andrade.
El IFE se queda con seis de nueve consejeros electorales.
Se inician negociaciones entre los partidos en la Cámara de Diputados para ocupar las tres vacantes, sin llegar a algún acuerdo.
En mayo de ese año, se hizo pública una "cena" de priistas cercanos al aspirante del tricolor a la Presidencia y entonces Gobernador del Estado de México, Enrique Peña Nieto, con la entonces presidenta del TEPJF, María del Carmen Alanís, a la que asistieron también, entre otros, el actual consejero electoral Marco Baños (que aspira a ser consejero del INE); el entonces representante del PRI ante el IFE, Sebastián Lerdo de Tejada (hoy director del ISSSTE), así como el director del Centro de Capacitación Judicial del TEPJF, Enrique Ochoa (hoy director de la Comisión Federal de Electricidad (CFE).
En octubre inicia oficialmente el proceso electoral 2011-2012 con un IFE incompleto.
El 15 de diciembre y luego de anular la contienda derivada de una convocatoria con decenas de aspirantes, los partidos nombran a los consejeros Sergio García Ramírez, Lorenzo Córdova y María Marván.
El 1 de julio tuvo lugar la jornada electoral para la elección de Presidente, en donde el candidato del PRI, Enrique Peña Nieto, obtuvo el triunfo, quedando en segundo lugar Andrés Manuel López Obrador, candidato del PRD, PT y MC; y en tercer lugar Josefina Vázquez Mota, del PAN, partido que en ese momento estaba en Los Pinos.
Las elecciones fueron cuestionadas por presunta compra y coacción del voto, adquisición ilegal de tiempos en radio y televisión; rebase de topes de campaña y falta de energía de la autoridad electoral para poner orden y resolver las denuncias ciudadanas y partidistas.
Luego de una investigación de la Unidad de Fiscalización avalada por los consejeros electorales, el Consejo General del IFE desestimó las pruebas presentadas por el PRD y el PAN, documentando un presunto financiamiento ilegal del PRI a sus militantes para compensar el voto a su favor a través de la empresa "Monex" y las tarjetas Soriana y exoneró al tricolor de irregularidades en la campaña electoral.
En febrero de ese año, luego de esa exoneración, en donde su voto fue decisivo para ese resultado, el consejero electoral Sergio García Ramírez renuncia a su cargo y se genera con ello una vacante en el Consejo General.
En octubre concluyen su mandato el consejero presidente del IFE Leonardo Valdés, así como los consejeros Alfredo Figueroa, Francisco Guerrero y Macarita Elizondo. Estas cuatro vacantes, a las que se sumó la de García Ramírez llevó al IFE a tener en funciones por primera vez en su historia solo cuatro de nueve consejeros electorales.
Ante las vacantes, los cuatro consejeros electorales en funciones acuerdan una presidencia del IFE rotativa y temporal (por un mes).
El 10 de febrero se publica en el Diario Oficial de la Federación la reforma político-electoral por la cual desaparecerá el IFE y se dará lugar al INE.
Se inicia a partir de la publicación en el Diario Oficial de la Federación un periodo máximo de 120 días para que la Cámara de Diputados apruebe el nombramiento de los 11 nuevos consejeros electorales, incluido el consejero presidente -pasan por la reforma de nueve a once consejeros- y para que se elaboren las leyes secundarias.
El miércoles 5 de marzo la Cámara de Diputados dio a conocer que ante la convocatoria hay 307 aspirantes a ocupar los 11 cargos de consejeros del INE, entre ellos los cuatro consejeros en funciones del IFE.
